В сентябре этого же года он подал рапорт и добровольцем был направлен под Сталинград, где его зачислили автоматчиком во 2-ю роту 47-го гвардейского полка 15-й гвардейской стрелковой дивизии. В её рядах он стоял в обороне у озера Цаца Калмыцкой АССР, а 19 ноября 1942 года вместе со всем Сталинградским фронтом перешёл в контрнаступление на вражеские позиции. В тяжелейших боях, преодолевая упорное сопротивление противника, они отвоевывали пядь за пядью родную землю. Так, в ожесточенных боях часть дошла до железнодорожной станции Карповка и заняла оборону.

Андрей Дмитриевич получил множественные ранения в обе ноги и нижнюю часть тела. Особенно тяжелым было ранение правой ноги: коленный сустав был раздроблен разрывной пулей. На левой ноге были сильно повреждены кровеносные сосуды. Гонтковского, в числе других раненых, после боя доставили в медсанбат, сделали перевязку и отправили в полевой госпиталь. Здесь он перенес четыре операции на правой ноге. Врачи прилагали все усилия, чтобы спасти конечность. На левой ноге было сделано 12 операций по сшивке поврежденных кровеносных сосудов. Но, несмотря на усилия врачей и профессоров из военно-медицинской академии, спасти правую ногу так и не удалось: вувиду начавшейся гангрены ее пришлось ампутировать выше колена. Это произошло 12 декабря 1942 года, на тринадцатый день после ранения. После этого Андрея Дмитриевича отправили в глубокий тыл. Он лечился в госпиталях городов Ленинска, Энгельса, Куйбышева и Самарканда у опытных врачей, профессоров военно-медицинской академии.

В результате долгого лечения в феврале 1944 года его выписали из госпиталя инвалидом 2-й группы. Он вернулся домой, в Казахстан. С непривычки было трудно и совестно перед людьми за свою беспомощность, а жить было надо. Война подходила к концу, близился день Победы. Бои уже шли на территории фашистской Германии. Нужно было осваивать мирную профессию, благо, что она у него была еще до войны. Притом самая что ни на есть мирная - бухгалтер, у которого личное оружие – счеты, полковая артиллерия – арифмометр, вместо штыка – ручка. Андрей Дмитриевич устроился бухгалтером на Карагандинскую ГРЭС, откуда уходил на фронт. Вскоре здесь же он встретил и полюбил тихую и ласковую девушку Марию.

Прошло некоторое время, и врачи стали настаивать на перемене климата. После долгих колебаний и поиска места возможного переезда Гонтковский вынужден был с женой и детьми приехать в Куйбышев. Здесь он устроился работать бухгалтером на завод № 4 НКВД СССР. Жена, Мария Изотовна, тоже устроилась на завод сначала электромонтером, затем работала на подстанции ответственным дежурным. Работа на заводе шла успешно. Кадры росли вместе с заводом. Андрей Дмитриевич уже занимал должность начальника сектора в главной бухгалтерии завода. Коллектив отдела, общественные организации и руководство завода относились к нему с уважением. Он был горд, что вместе с коллективом завода был активным участником строительства Волжской ГЭС им. В.И. Ленина, хоть вложенный им труд и заключался в оперативном и качественном оформлении бухгалтерской отчетности, связанной со стройкой ГЭС. Не прошла мимо него и работа вместе с коллективом завода по выполнению заказов всесоюзной стройки КАМАЗа. Неоднократно портрет Андрея Дмитриевича, как передовика производства, вывешивался на Доске Почета. На протяжении двадцати лет он избирался председателем ревизионной комиссии завкома профсоюза.